未来的2038年，星海小浩是一个做什么事情都提不起劲的草食系15岁少年，热衷于青少年间流行的飞板运动并且心地善良，跟自己的妹妹星海红叶还有经常出差的父亲星海良一起生活。某一天在他去接幼儿园的妹妹时，邂逅了跟自己年龄相仿的机械少年水月光里，并让光里住进了自己的家。小浩和红叶与温厚的光里建立了深厚的感情。但有一天，在天空中忽然浮现出了一座巨大的岛，浮岛中的异形机械生物侵入城市残杀地上的人们。而光里和小浩以及红叶也卷入了这场混乱之中，红叶被抓走，生命垂危的小浩和光里分别与二十五元祖徽章中的“心灵之徽章”和“钢铁之徽章”订立了契约，拥有了强大的力量，而之后来到天空浮岛寻找妹妹的小浩更发现自己的身世与天空浮岛“拉普它”有着剪不断理还乱的关系。浮岛中的机械种族和人类数百年来不断争战，而自己的父亲竟然是浮岛人民抗争机械种族的首领。惊愕不已的小浩终于接受了这个现实，并且加入到了这场对自己来说原本一无所知的战争之中。